雖然石墨坩堝擁有體積密度大、耐高溫、傳熱快、耐酸堿侵蝕、高溫強度大、抗氧化性能高等特點，但是對于個別原料的煉制，在坩堝使用以后的清理工作卻很麻煩。

石墨坩堝的清洗首要進行的工作是將坩堝內的化學物質清理出來，然后進行清潔，我們需要根據石墨坩堝內的殘余物質是什么來決定用什么東西來清洗，一般石墨坩堝上的附著物是無機燃燒后的殘渣，我們可以使用鹽酸來進行清理，大多數都是可以溶解的，一些含有碳成分的殘留物，使用鹽酸是不能溶解的，這時可以使用硝酸進行清洗，因為硝酸具有強氧化性，在清洗時也可以適當加熱。

對于那些仍難以清理的物質，可以在稀鹽酸或稀硝酸內煮沸，注意所用的鹽酸中不得含有硝酸，硝酸鹽，鹵素等到氧化劑。如果稀硝酸尚不能洗凈時，則用焦硫酸鉀，碳酸鈉或硼砂熔融清洗。

石墨坩堝需要保持清潔，內外應光亮，經過長久灼燒后，坩堝外表可能黯然無光，日久必深入到內部致使坩堝脆弱破裂，因此必須清除不清潔的物質。如仍有污點或表面發烏，則用通過100篩目的無尖銳棱角的細砂，用水潤進行輕輕摩擦，使表面回復光澤。